Vroege wetenschappers gebruikten verschillende waarneembare kenmerken om organismen te groeperen in phyla en klassen. Deze kenmerken waren voornamelijk gebaseerd op morfologische kenmerken (fysiek uiterlijk en structuur) en anatomische overeenkomsten .

Hier zijn enkele voorbeelden van de gebruikte observaties:

* Externe anatomie:

* Lichaamsvorm: Was het organisme sferisch, langwerpig, plat of gesegmenteerd?

* Aantal ledematen: Had het organisme benen, vleugels of vinnen?

* Aanwezigheid van externe kenmerken: Had het organisme antennes, schubben, veren of bont?

* Interne anatomie:

* skeletstructuur: Had het organisme een ruggengraat (gewerveld) of een exoskelet (ongewervelde dieren)?

* spijsverteringssysteem: Welk type spijsverteringsstelsel bezit het organisme?

* Reproductief systeem: Hoe is het organisme zich voortplanten?

* Fysiologische kenmerken:

* Beweging: Heeft het organisme gezwommen, vliegen, lopen of kruipen?

* voedingsgewoonten: Was het organisme een herbivoor, carnivore of omnivoor?

* Levenscyclus: Wat waren de fasen van de levenscyclus van het organisme?

Het is belangrijk op te merken dat vroege classificaties voornamelijk gebaseerd waren op zichtbare eigenschappen , en hield geen rekening met genetische relaties of evolutionaire geschiedenis , die belangrijke factoren zijn in moderne classificatiesystemen.

Naarmate wetenschappelijke kennis en begrip van de evolutie vorderden, werden de criteria voor het groeperen van organismen geavanceerder, wat leidde tot de ontwikkeling van fylogenetische classificatie , die evolutionaire relaties en genetische overeenkomsten beschouwt.