1. Koolstofdioxide (CO2): Dit is een bijproduct van de afbraak van glucose tijdens de Krebs -cyclus. CO2 wordt vrijgegeven als een gas en wordt uitgeademd door dieren.

2. Water (H2O): Water wordt geproduceerd als een eindproduct van de elektrontransportketen. De elektronen die door de keten zijn doorgegeven, worden uiteindelijk geaccepteerd door zuurstof, samen met waterstofionen, om water te vormen.

Naast deze twee hoofdproducten kunnen kleine hoeveelheden andere afvalproducten worden geproduceerd, afhankelijk van het specifieke type cellulaire ademhaling. Tijdens anaërobe ademhaling kan melkzuur bijvoorbeeld als afvalproduct worden geproduceerd.

Het is belangrijk op te merken dat deze afvalproducten niet noodzakelijk schadelijk zijn, omdat ze vaak worden gebruikt door andere organismen of gerecycled in het milieu. Planten gebruiken bijvoorbeeld CO2 voor fotosynthese.