Dit zijn de breedste categorieën in biologische classificatie en vertegenwoordigen de diepste evolutionaire takken. De drie domeinen zijn:

* bacteriën: Eencellige prokaryoten (zonder een kern).

* archaea: Eencellige prokaryoten (zonder een kern) die vaak in extreme omgevingen leven.

* eukarya: Organismen met cellen met een kern en andere membraangebonden organellen. Dit domein omvat planten, dieren, schimmels en protisten.

Binnen elk domein zijn er verdere classificaties, waaronder koninkrijken, phyla, klassen, bestellingen, families, geslachten en soorten.