Hoewel ze soms "blauwgroene algen" worden genoemd, is deze term technisch gezien onnauwkeurig. Algen zijn een diverse groep organismen die zowel eencellige als meercellige soorten omvatten, en cyanobacteriën zijn geen algen.

Dus de meest nauwkeurige en voorkeursterm voor deze bacteriën is cyanobacteria .