1. ascomycota: Dit is het grootste phylum van schimmels, met meer dan 64.000 soorten. Ascomyceten worden gekenmerkt door hun productie van sporen in SAC-achtige structuren genaamd ASCI. Voorbeelden zijn gisten, truffels en morieljes.

2. basidiomycota: Dit phylum bevat ongeveer 30.000 soorten, waaronder champignons, paddestoelen, puffballs en plankschimmels. Basidiomyceten worden onderscheiden door hun clubvormige reproductieve structuren genaamd Basidia.

3. Zygomycota: Dit phylum bevat ongeveer 1.000 soorten, waaronder broodvormen en wat grondschimmels. Zygomycetes reproduceren seksueel door een dikke muurde zygospore te vormen.

4. Glomeromycota: Dit phylum bevat slechts ongeveer 200 soorten, maar ze zijn ongelooflijk belangrijk voor hun symbiotische relaties met planten. Glomeromyceten vormen arbusculaire mycorrhizae, die planten helpen voedingsstoffen uit de grond te absorberen.

Hoewel dit de vier grote Phyla zijn, is het belangrijk op te merken dat de taxonomie van schimmels nog steeds evolueert. Sommige wetenschappers suggereren een vijfde majoor phylum, chytridiomycota , waaronder voornamelijk waterschimmels.