In het bijzonder gebruikte het project een methode genaamd sanger sequencing wat destijds de dominante methode was. Deze methode omvat:

1. Fragmentatie: DNA is opgebroken in kleinere stukken.

2. Replicatie: Elk fragment wordt vele malen gekopieerd, maar het kopieerproces wordt op willekeurige punten gestopt door speciale "dideoxy" -nucleotiden op te nemen die een hydroxylgroep missen.

3. scheiding: De fragmenten worden gescheiden op grootte met behulp van gelelektroforese.

4. Detectie: De sequentie van nucleotiden in elk fragment wordt bepaald door de volgorde waarin de dideoxy -nucleotiden worden opgenomen.

Terwijl Sanger-sequencing de primaire methode was die werd gebruikt in het Human Genome Project, zijn nieuwere sequencing-technologieën zoals volgende generatie sequencing (NGS) zijn sindsdien vaker voorkomen. Deze methoden zorgen voor veel snellere en efficiëntere sequencing van DNA, wat leidt tot vooruitgang in gepersonaliseerde geneeskunde, onderzoeksonderzoek en genetische analyse.