* Gebrek aan wetenschappelijk bewijs: De claims van Phrenology over persoonlijkheid en vaardigheden die worden gekoppeld aan schedelsbultjes zijn herhaaldelijk ontkracht door wetenschappelijk onderzoek. De hersenen zijn veel complexer dan frenologie suggereert, en de functies ervan zijn niet op zo'n simplistische manier gelokaliseerd.

* Circulair redeneren: Frenologie gebruikte vaak observaties om zijn eigen theorieën te bevestigen. Als iemand bijvoorbeeld agressief was, zouden frenologen wijzen op een hobbel op hun schedel en beweren dat het de 'agressiviteitsbult' was, in plaats van andere potentiële verklaringen voor hun gedrag te overwegen.

* Geen voorspellende kracht: Phrenology kan geen gedrag of vaardigheden consequent voorspellen. De schedelvorm alleen biedt geen betrouwbare inzichten in de persoonlijkheid of het potentieel van een persoon.

* Gebrek aan peer review en rigoureus testen: Frenologie werd niet onderworpen aan dezelfde wetenschappelijke controle en testen als legitieme wetenschappelijke theorieën. De claims werden niet ondersteund door gecontroleerde experimenten of objectieve gegevensanalyse.

Hoewel frenologie populair was in de 19e eeuw, leidde het gebrek aan wetenschappelijke basis en de opkomst van meer accurate wetenschappelijke methoden tot de uiteindelijke achteruitgang ervan. Tegenwoordig wordt het algemeen erkend als een pseudowetenschap.