* Grootte: Mitochondriën zijn zeer kleine organellen, die meestal een paar micrometers lang meten. Lichtmicroscopen missen de resolutie om dergelijke kleine structuren te visualiseren.

* Interne structuur: TEM zorgt voor visualisatie van de interne structuur van mitochondria, inclusief de cristae (gevouwen membranen) en matrix. Dit detailniveau is cruciaal voor het begrijpen van de mitochondriale functie.

* Elektronenkleuring: TEM gebruikt zware metalen vlekken die het contrast van de mitochondriën verbeteren, waardoor ze gemakkelijker te zien zijn tegen de achtergrond van de cel.

Hoewel een lichtmicroscoop kan worden gebruikt om gistcellen te observeren, zal het niet de details van hun interne organellen zoals mitochondria onthullen.