Er zijn verschillende soorten microscopen, maar de meest voorkomende voor het bekijken van kleine organismen zijn:

* Lichtmicroscoop: Dit gebruikt zichtbaar licht om het monster te verlichten en te vergroten.

* Elektronenmicroscoop: Dit maakt gebruik van een elektronenstraal om het monster te verlichten en te vergroten. Elektronenmicroscopen bieden een veel hogere vergroting dan lichtmicroscopen en kunnen de fijne details van cellulaire structuren onthullen.

Beide soorten microscopen stellen ons in staat om organismen te zien die te klein zijn om met het blote oog te worden gezien.