1. Een kern: Protisten zijn eukaryoten, wat betekent dat ze een echte kern hebben die hun DNA omsluit. Bacteriën zijn prokaryoten en hun DNA bevindt zich in een gebied dat de nucleoid wordt genoemd, dat niet wordt ingesloten door een membraan.

2. Organellen: Protisten hebben verschillende membraangebonden organellen, zoals mitochondriën, Golgi-apparaat en endoplasmatisch reticulum. Deze organellen zijn verantwoordelijk voor het uitvoeren van specifieke functies in de cel. Bacteriën missen deze complexe organellen.

Hoewel er enkele uitzonderingen zijn (bijvoorbeeld, sommige bacteriën hebben membraangebonden structuren die lijken op organellen), in het algemeen zijn de aanwezigheid van een kern en andere membraangebonden organellen kenmerken die protisten van bacteriën onderscheiden.