1. ciliates: Gekenmerkt door de aanwezigheid van cilia, kloppen korte haarachtige structuren die ritmisch verslaan voor beweging en voeding. Voorbeelden zijn *paramecium *en *stentor *.

2. Flagellaten: Bezit flagella, lange zweepachtige structuren die hen door hun omgeving voortstuwen. Sommige flagellaten zijn fotosynthetisch, terwijl andere parasitair zijn. Voorbeelden zijn * Trypanosoma * (veroorzaakt Afrikaanse slaapziekte) en * Giardia * (veroorzaakt giardiasis).

3. amoebas: Onderscheidend voor hun flexibele lichamen en het gebruik van pseudopoden (tijdelijke uitbreidingen van cytoplasma) voor beweging en het overspoelen van voedsel. Voorbeelden zijn * Amoeba Proteus * en * entamoeba histolytica * (veroorzaakt amoebische dysenterie).

4. sporozoans: Niet-moti, parasitaire protozoa die sporen vormen in een bepaald stadium van hun levenscyclus. Ze hebben vaak complexe levenscycli waarbij meerdere gastheren betrokken zijn. Voorbeelden zijn * Plasmodium * (veroorzaakt malaria) en * toxoplasma gondii * (veroorzaakt toxoplasmose).