Dit is waarom:

* DNA's fosfaatbackbone: DNA bestaat uit een suikerfosfaatruggengraat. De fosfaatgroepen in deze ruggengraat zijn negatief geladen.

* elektroforese: Elektroforese gebruikt een elektrisch veld om moleculen te scheiden op basis van hun grootte en lading. Het apparaat heeft een positieve elektrode aan het ene uiteinde en een negatieve elektrode aan het andere.

* Migratie: Omdat DNA negatief is geladen, wordt het aangetrokken door de positieve elektrode. Dit zorgt ervoor dat het tijdens elektroforese naar de positieve pool bewoog.

Opmerking: Kleinere DNA -fragmenten migreren sneller dan grotere omdat ze minder weerstand ervaren van de gelmatrix.