Het diafragma van een microscoop bevindt zich doorgaans onder het podium, waar het de hoeveelheid licht regelt die door het monster en via de microscoopbuis naar de oculairs of camera gaat. Het wordt gebruikt om de helderheid en het contrast aan te passen van het beeld dat door de microscoop wordt gezien.

Sommige microscopen kunnen meerdere diafragma's hebben, zoals een velddiafragma en een irisdiafragma. Deze diafragma's kunnen worden aangepast om de grootte en vorm van de lichtbundel te regelen, evenals de hoeveelheid licht die erdoorheen gaat, waardoor een nauwkeurigere controle van de beeldkwaliteit en de zichtbaarheid van de kenmerken van het monster mogelijk is.