Er waren niet slechts twee koninkrijken. Toen Linnaeus in de 18e eeuw zijn systeem van twee koninkrijken voorstelde, waren er feitelijk drie koninkrijken:Animalia, Plantae en Mineralia. Protisten werden pas aan het einde van de 19e eeuw een afzonderlijk koninkrijk, toen Ernst Haeckel een systeem van drie koninkrijken voorstelde dat Protista, Animalia en Plantae omvatte.