De individuele zakjes gevormd door het binnenmembraan van mitochondriën in prokaryotische en eukaryotische cellen worden cristae genoemd. Dit zijn plankachtige structuren die uitsteken in de mitochondriale matrix. Cristae vergroten het oppervlak van het binnenmembraan, wat essentieel is voor cellulaire ademhaling. De mitochondriale matrix is de ruimte omsloten door het binnenste mitochondriale membraan. Het bevat mitochondriaal DNA (mtDNA), ribosomen, enzymen en andere moleculen die nodig zijn voor de mitochondriale functie.