De Kupffer-cellen bevinden zich in de lever, met name in het lumen van de hepatische sinusoïden, dit zijn gespecialiseerde bloedvaten die door het leverweefsel lopen. Kupffer-cellen bekleden de sinusoïden en zijn strategisch gepositioneerd om het bloed te monitoren en ermee te communiceren terwijl het door de lever stroomt. Ze spelen een cruciale rol bij het handhaven van de leverhomeostase, immuunbewaking en ontgiftingsprocessen.