Het instrument dat wordt gebruikt bij het bestuderen van cellen wordt een microscoop genoemd. Microscopen worden gebruikt om kleine voorwerpen te vergroten, waardoor wetenschappers de structuur en functie van cellen kunnen observeren. Er zijn veel verschillende soorten microscopen, elk met zijn eigen voor- en nadelen. Het meest voorkomende type microscoop is de optische microscoop, die zichtbaar licht gebruikt om objecten te vergroten. Optische microscopen kunnen objecten tot 1000 keer vergroten. Een ander type microscoop is de elektronenmicroscoop, die een elektronenbundel gebruikt om objecten te vergroten. Elektronenmicroscopen kunnen objecten tot 1 miljoen keer vergroten.