Zebramosselen voeden zich met fytoplankton, een soort algen die schadelijke bloemen kunnen vormen. Door fytoplankton te consumeren kunnen zebramosselen de vorming van schadelijke algenbloei helpen verminderen, wat kan leiden tot een betere waterkwaliteit en minder milieuschade. Zebramosselen kunnen echter ook een negatieve invloed hebben op inheemse ecosystemen door te concurreren met inheemse soorten om voedsel en leefgebied, en door de waterkwaliteit te veranderen door hun filtratie- en uitscheidingsprocessen.