De studie van craniologie was belangrijk in de antropologie en het is eigenlijk alleen maar de studie van de vergelijkende anatomie, maar het is een onderdeel geweest van een aantal sociale problemen die te maken hebben met ras. Vroege beoefenaars geloofden ten onrechte dat de grootte of vorm van de schedel gerelateerd was aan intellectuele capaciteit, en dat craniologie dus kon worden gebruikt om sommige rassen inherent superieur en anderen 'primitief' of gevoelig voor crimineel gedrag te verklaren.
Problemen met frenologie

Frenologie was een populaire studie, zelfs in het begin van de 20e eeuw, toen de werking van de hersenen nog steeds mysterieus was, zelfs voor wetenschappers. Vandaag weten we dat temperament de vorm van de schedel niet kan beïnvloeden. Verder spraken Gall en zijn mede-frenologen over kenmerken die niet goed gedefinieerd of gemakkelijk waren te meten, zoals 'zusterlijke liefde' en 'gezinswaarden'. Frenologie, zoals astrologie, is nog steeds van belang voor sommigen, maar is ongeldig verklaard als een wetenschap.