Gelelektroforese is een van de belangrijkste methoden die in de moleculaire biologie worden gebruikt voor de analyse van DNA. Deze methode omvat de migratie van DNA-fragmenten door een gel, waarbij ze worden gescheiden op basis van grootte of vorm. Maar zelfs een wetenschappelijk verantwoorde methode zoals gelelektroforese is niet immuun voor fouten.

Hoe elektroforese werkt

Gelelektroforese omvat het gebruik van een gel, meestal gemaakt van polymeren zoals agarose. De gel wordt ondergedompeld in een bufferoplossing die een elektrisch veld geleidt. Het relevante DNA-monster wordt eerst gefragmenteerd met behulp van restrictie-enzymen en wordt vervolgens in de gel geïnjecteerd. Wanneer het elektrische veld wordt ingeschakeld, migreren de DNA-fragmenten in de gel naar de positieve elektrode. Als de DNA-fragmenten van verschillende grootten zijn, zullen de migratietijden voor elk grootfragment verschillend zijn. De fragmenten worden vervolgens gevisualiseerd met behulp van een kleurstof of autoradiografie en zijn zichtbaar als banden in de gel.

Contaminatie van het monster

De belangrijkste toepassing van elektroforese is als een hulpmiddel voor de analyse van DNA in moleculaire biologie, maar het wordt ook gebruikt in de forensische geneeskunde als een middel om monsters van een plaats delict te identificeren. Het is belangrijk dat foutenbronnen in deze techniek worden geminimaliseerd om nauwkeurige resultaten te krijgen. Een bron van fouten is contaminatie van het DNA-monster. Als er vreemd DNA in het monster zit, heeft de gel meer banden dan in een gel die alleen het gezuiverde monster bevat.

Problemen met de gel, stroom en buffer

concentratie van de gel moet ook correct zijn om fouten te voorkomen. Als de concentratie te hoog of te laag is, migreren de fragmenten te langzaam of te snel. Dit zal leiden tot fouten bij het oplossen van de verschillende banden. Tijdens de loop van de elektroforese moet erop worden gelet dat de spanning stabiel is. Eventuele fluctuaties in de spanning zullen leiden tot onstabiele migratie van DNA-fragmenten, wat leidt tot fouten bij het lezen van de banden. De bufferoplossing moet ook de juiste samenstelling hebben, omdat een buffer met de verkeerde pH of ionische concentratie de vorm van de DNA-fragmenten zal veranderen, waardoor ook hun migratietijden veranderen.

Goede visualisatie

Het belangrijkste is dat de gel goed moet worden gevisualiseerd. Als de concentratie van de kleurstof of radioactieve probe die wordt gebruikt om de monsters te visualiseren te hoog is, zal het resulterende beeld erg rommelig zijn, omdat restfragmenten ook zichtbaar worden. Als de gelconcentratie te laag is, is er geen visualisatie. Wanneer de juiste processen in alle stadia zijn gevolgd, zal gelelektroforese resultaten opleveren die nauwkeurig zijn en met groot vertrouwen kunnen worden gebruikt. Zoals bij alle wetenschappelijke procedures, kan gelelektroforese gevoelig zijn voor fouten, maar deze kunnen worden geminimaliseerd met de juiste voorbereiding en behandeling.