Zoetwater- en mariene milieus markeren een primaire breuk in aquatische ecosystemen; mariene milieus bevatten een hoog niveau van zoutgehalte (zoutconcentratie), terwijl zoetwatergebieden meestal minder dan 1 procent bevatten. Zoetwaterecosystemen omvatten vijvers en meren evenals rivieren en beken. Mariene ecosystemen omvatten oceanen en koraalriffen.

Vijvers en meren

Vijvers en meren zijn relatief stilstaande wateren met weinig of geen stroming, over het algemeen geïsoleerd van andere waterlichamen zoals rivieren en oceanen. . Ze zijn onderverdeeld in drie verschillende zones: litoraal, limnetisch en profundaal. Het kustgebied vormt het dichtst bij de kust. Met een hoge blootstelling aan zonlicht en ondiepe wateren is dit meestal het biologisch meest gevarieerde gebied in een bepaald meer of vijver, met verschillende soorten amfibieën, watervogels, schaaldieren, insecten, vissen en algen en zowel drijvende als geroote planten. De limetische zone omvat het gebied van een meer /vijver dat verder van de kust ligt en toch het dichtst bij de oppervlakte van het water ligt. Dit gebied is minder divers dan het kustgebied, maar moreso dan de profundale zone vanwege het hoge niveau van blootstelling aan de zon. De profundale zone omvat het diepste deel van een vijver of meer. Het profundale leven wordt bijna uitsluitend gedomineerd door ontbindende bacteriën en plankton.

Rivieren en beekjes

Rivieren en beken zijn bewegende watermassa's die stromen van een bron, zoals een gletsjer van de lente of smelten, naar een mond, die bij een oceaan, een grotere stroom of rivier of een ander type reservoir zou kunnen zijn. Terwijl het water van bron naar mond reist, verandert de omgeving van het ecosysteem drastisch. De bron van een beek of rivier heeft het hoogste niveau van zuiverheid en zuurstofgehalte. Op zijn weg verzamelt het stromende water puin in zijn stroom; tegen de tijd dat het water de mond bereikt, wordt het water troebel. Het gevolg is dat er weinig zonlicht in het oppervlak dringt en dat het plantenleven schaars is. Vissoorten zoals meervallen gedijen in deze gebieden en kunnen overleven in omstandigheden met weinig zuurstof.

Oceanen

Oceanen zijn enkele van de meest diverse en geografisch uitgestrekte ecosystemen op aarde. Oceaanecosystemen zijn onderverdeeld in vier zones: intertidal, pelagic, benthic en abyssal. De intergetijdenzone omvat de gebieden waar oceaanwater het land ontmoet. Deze zone is zeer dynamisch vanwege de constante actie van getijden. Als algemene regel geldt dat soortendiversiteit hoger is in intergetijdengebieden die meestal door water worden ondergedompeld. Net als de limetische zone in meren omvat de pelagische zone de open oceaan weg van de kust en toch dichter bij de oppervlakte van het water. Een verscheidenheid aan vissen, waterplanten en grotere zoogdieren bevolken deze regio. Benthische en abyssale zones omvatten de op een na diepste en diepste delen van de oceaan, respectievelijk. Door extreme druk, duisternis en koude temperaturen herbergen deze zones zeer verschillende levensvormen. Om een ​​volledig gebrek aan zonlicht te overleven, oogsten planten en bacteriën in de afgrond chemische energie uit thermische ventilatieopeningen onder het oppervlak van de oceaanbodem.

Koraalriffen

Koraalrifecosystemen bevinden zich in de oceaan; maar vanwege hun fysieke en biologische samenstelling zijn ze zeer verschillend van andere mariene ecosystemen. Koraalriffen vormen in ondiepe wateren met warme temperaturen. Veel van deze ecosystemen hebben zich langs de kusten van continenten gevormd. Hoewel het lijkt op een enorme rots, bestaat een koraalrif eigenlijk uit levende dieren die zich vasthechten in een harde schaal van calciumcarbonaat. Deze kolonies hebben een symbiotische relatie met zooxanthellae, een soort algen die allebei van binnen leven en voedsel voor de koralen leveren. Hoewel ze relatief weinig oppervlakte omvatten, zijn koraalriffen enkele van de biologisch meest verschillende ecosystemen op aarde. Een enorme variëteit aan sponzen, kreeftachtigen, zee-anemonen, vissen, algen, waterplanten en insecten leven uitsluitend in ecosystemen van koraalriffen.