Hier is hoe het werkt:

1. Snelle begrafenis: Een organisme sterft en wordt snel begraven in sediment (zoals modder, zand of vulkanische as). Dit voorkomt dat ontbinding en aaseters de overblijfselen vernietigen.

2. Mineralisatie: Grondwater dat rijk is aan opgeloste mineralen (zoals silica, calciet of pyriet) sijpelt door het poreuze sediment en vervangt het organische materiaal in de botten, tanden of schelpen door mineralen. Dit proces gebeurt geleidelijk, molecuul voor molecuul, waarbij de oorspronkelijke vorm en structuur behouden blijft.

3. Vorming van fossielen: Na verloop van tijd verhardt het sediment tot gesteente en worden de gemineraliseerde overblijfselen een fossiel.

Hoewel er andere methoden bestaan, is permineralisatie de meest voorkomende vanwege de wijdverbreide beschikbaarheid van grondwater en het gemak waarmee mineralen organisch materiaal kunnen vervangen.