De structuur van boor is uniek onder alle elementen. Het heeft een onregelmatige structuur die vaak wordt omschreven als 'amorf'. Dit betekent dat boor geen regelmatig, zich herhalend patroon van atomen heeft, zoals de meeste andere elementen. In plaats daarvan zijn de atomen op een willekeurige, ongeordende manier gerangschikt. Deze amorfe structuur geeft boor enkele interessante eigenschappen, zoals hoge hardheid, lage dichtheid en goede thermische en elektrische geleidbaarheid. Het maakt boor ook een slechte geleider van elektriciteit.

Aangenomen wordt dat de amorfe structuur van Boron te wijten is aan de kleine atomaire omvang en de hoge elektronegativiteit. De kleine atoomgrootte betekent dat booratomen dicht bij elkaar kunnen komen, terwijl de hoge elektronegativiteit betekent dat de atomen sterk tot elkaar worden aangetrokken. Deze combinatie van factoren leidt tot de vorming van een sterke, stijve structuur.

De amorfe structuur van boor is ook verantwoordelijk voor de hoge hardheid. Dit komt omdat de wanordelijke rangschikking van atomen het moeilijk maakt voor scheuren om zich door het materiaal te verspreiden. Als gevolg hiervan wordt boor vaak gebruikt in toepassingen waar een hoge hardheid vereist is, zoals in snijgereedschappen en schurende materialen.

De lage dichtheid van boor is ook te wijten aan de amorfe structuur. Dit komt omdat de wanordelijke rangschikking van atomen veel lege ruimte tussen de atomen achterlaat. Als gevolg hiervan is boor een van de lichtste elementen, met een dichtheid van slechts 2,34 gram per kubieke centimeter.

De goede thermische en elektrische geleidbaarheid van boor is ook te danken aan de amorfe structuur. Dit komt omdat de ongeordende rangschikking van atomen ervoor zorgt dat warmte en elektriciteit gemakkelijk door het materiaal kunnen stromen. Als gevolg hiervan wordt boor vaak gebruikt in toepassingen waar een hoge thermische en elektrische geleidbaarheid vereist is, zoals in elektronische apparaten en koellichamen.