Er zijn veel verschillende soorten vlekken, elk met zijn eigen eigenschappen en gebruik. Enkele veel voorkomende soorten vlekken zijn:

* eenvoudige vlekken: Deze vlekken bestaan uit een enkele kleurstof die alle cellen dezelfde kleur kleurt. Ze worden gebruikt om de algehele vorm en structuur van cellen te benadrukken.

* Differentiële vlekken: Deze vlekken gebruiken meerdere kleurstoffen om onderscheid te maken tussen verschillende soorten cellen of structuren. Gramvlek is bijvoorbeeld een differentiële vlek die wordt gebruikt om onderscheid te maken tussen gram-positieve en gram-negatieve bacteriën.

* Speciale vlekken: Deze vlekken zijn ontworpen om specifieke structuren in cellen te benadrukken, zoals capsules, flagella of sporen.

Het gebruikte type vlek hangt af van het specifieke monster dat wordt onderzocht en de informatie die de onderzoeker probeert te verkrijgen.