De naam van waterstof komt van de Oudgriekse woorden ὕδωρ (hýdōr), wat "water" betekent, en γένος (génos), wat "schepping" of "soort" betekent. Waterstof werd voor het eerst geïsoleerd door de Engelse chemicus Henry Cavendish in 1766, en hij gaf het de naam "ontvlambare lucht". In 1783 bedacht de Franse chemicus Antoine Lavoisier de naam "waterstof", wat letterlijk "waterschepper" of "watervormer" betekent. Deze naam is gekozen omdat waterstof een bestanddeel van water is en bovendien het lichtste en meest voorkomende element in het universum is.