Het aantal protonen in een atoom van een element is gelijk aan het atoomnummer van dat element. Het atoomnummer van een element is een unieke identificatie voor dat element en wordt gebruikt om zijn positie in het periodiek systeem te bepalen. Het atoomnummer van waterstof is bijvoorbeeld 1, wat betekent dat een waterstofatoom 1 proton in zijn kern heeft. Het atoomnummer van helium is 2, wat betekent dat een heliumatoom 2 protonen in de kern heeft, enzovoort.