Samenvatting:

De aanhoudende COVID-19-pandemie, veroorzaakt door het SARS-CoV-2-virus, heeft een dringende behoefte aan effectieve therapeutische interventies gecreëerd. Pradimicine A, een natuurlijk product geïsoleerd uit Streptomyces, heeft veelbelovende antivirale activiteit getoond tegen verschillende omhulde virussen, waaronder SARS-CoV-2, door zich te richten op het virale N-glycaan. De moleculaire details van hoe pradimicine A interageert met de N-glycaan en de virale toegang remt, blijven echter onduidelijk. We hebben moleculaire docking, moleculaire dynamica-simulaties en experimenten met oppervlakteplasmonresonantie (SPR) uitgevoerd om de moleculaire basis van pradimicine A-binding aan de SARS-CoV-2 N-glycaan te onderzoeken. Onze resultaten suggereren dat pradimicine A stabiele complexen vormt met de N-glycaan via waterstofbruggen, elektrostatische interacties en hydrofobe contacten. In het bijzonder spelen de 2,6-diaminoglucose- en 3,4,6-trihydroxyfenylgroepen van pradimicine A een cruciale rol bij de binding aan het N-glycaan. Bovendien bevestigden SPR-experimenten de directe interactie tussen pradimicine A en de N-glycaan. Over het geheel genomen biedt onze studie inzicht in de moleculaire mechanismen die ten grondslag liggen aan de antivirale activiteit van pradimicine A en benadrukt het zijn potentieel als leidende verbinding voor de ontwikkeling van nieuwe SARS-CoV-2-intrederemmers.