Lipiden spelen een sleutelrol bij veel stofwisselingsziekten, inclusief hypertensie, suikerziekte, en beroerte. Het is dus belangrijk om een ​​volledig profiel te hebben van de lipiden van het lichaam - het 'lipidoom'.

Lipidomic-onderzoeken zijn vaak gebaseerd op vloeistofchromatografie in combinatie met tandem-massaspectrometrie (LC-MS/MS). Maar onderzoekers vinden het moeilijk om gegevens snel genoeg te verwerken, en ze zijn niet in staat om de gedetecteerde lipidesoorten met vertrouwen te identificeren en nauwkeurig te kwantificeren.

Onjuiste identificaties kunnen leiden tot misleidende biologische interpretaties. Bestaande instrumenten zijn echter niet ontworpen voor grootschalige verificatie van identificaties en moeten handmatig worden geverifieerd om de nauwkeurigheid te garanderen. Aangezien wetenschappers steeds meer lipidomics-onderzoeken op grotere schaal willen, analisten hebben verbeterde software nodig voor het identificeren van lipiden.

Een recent artikel van hoofdauteur Jennifer E. Kyle en acht co-auteurs van Pacific Northwest National Laboratory (PNNL) introduceert een open-source lipide-identificatiesoftware, Lipidenkwantificering en -identificatie (VLOEISTOF). Het scoren is trainbaar, de zoekdatabase is aanpasbaar, en meerdere bewijslijnen worden weergegeven, waardoor betrouwbare identificaties mogelijk zijn. LIQUID maakt ook zoekopdrachten met één en wereldwijd doel beschikbaar, evenals fragment-patroon zoekopdrachten. Dit alles maakt het voor onderzoekers mogelijk om vergelijkbare en zich herhalende patronen van MS/MS-spectra te volgen.

Vergeleken met andere vrij beschikbare software die gewoonlijk wordt gebruikt om lipiden en andere kleine moleculen te identificeren, LIQUID heeft een snelle verwerkingstijd die sneller een groter aantal gevalideerde lipide-identificaties kan genereren. De referentiedatabase bevat meer dan 21, 200 unieke lipidendoelen in zes lipidencategorieën, 24 lessen, en 63 subklassen.

LIQUID is in staat om met vertrouwen meer lipidesoorten te identificeren met een snellere gecombineerde verwerkings- en validatietijd dan enige andere software in zijn vakgebied.

Wat is het volgende?

Ontwikkelaars van LIQUID zullen de referentiebibliotheek uitbreiden met lipiden die uniek kunnen zijn voor bepaalde ziektetoestanden of voor organismen uit geselecteerde milieuniches. Dit betekent dat onderzoekers een meer divers scala aan monsters kunnen karakteriseren en daardoor het begrip van biologische en milieusystemen van belang kunnen vergroten.