Dit is waarom:

* Microscopiebeperkingen: Het werk van Linnaeus was sterk afhankelijk van het vermogen om organismen te zien met het blote oog of met eenvoudige microscopen. Archaea en bacteriën zijn microscopische organismen, te klein om te zien met de technologie die destijds beschikbaar is.

* Inzicht in het leven: In de tijd van Linnaeus was het concept van het leven veel eenvoudiger. Hij categoriseerde organismen op basis van zichtbare kenmerken zoals vorm, grootte en habitat. De verschillen tussen bacteriën, archaea en andere levensvormen waren onbekend.

* Ontwikkeling van microbiologie: Het gebied van microbiologie, dat micro -organismen bestudeert, ontstond veel later in de 19e eeuw met de ontwikkeling van krachtigere microscopen. Het was pas toen dat wetenschappers konden onderscheiden tussen verschillende soorten bacteriën en later, in de late 20e eeuw, de unieke kenmerken van Archaea ontdekken.

Het is belangrijk op te merken dat Linnaeus's classificatiesysteem, hoewel gebaseerd op beperkte kennis, baanbrekend was voor zijn tijd. Zijn werk legde de basis voor de moderne taxonomie en het wordt nog steeds gebruikt, zij het met belangrijke wijzigingen om de ontdekkingen sinds zijn tijd aan te nemen.