De specifieke locatie en mechanismen van cellulaire ademhaling variëren echter afhankelijk van de cellulaire structuur van het organisme:

* eukaryotes (dieren, planten, schimmels): Cellulaire ademhaling komt voornamelijk voor in de mitochondria , die gespecialiseerde organellen verantwoordelijk zijn voor de energieproductie.

* prokaryoten (bacteriën, archaea): Cellulaire ademhaling treedt op in het cytoplasma en op het plasmamembraan , omdat ze mitochondria missen.

Hoewel alle levende organismen cellulaire ademhaling uitvoeren, kunnen het precieze proces en de locatie daarom verschillen op basis van hun cellulaire organisatie.