1. Gebrek aan een membraangebonden kern: Prokaryoten hebben geen kern ingesloten door een membraan om hun genetisch materiaal (DNA) te bevatten. In plaats daarvan bevindt hun DNA zich in een gebied dat de nucleoid wordt genoemd, dat niet door een membraan van de rest van de cel wordt gescheiden.

2. Gebrek aan membraangebonden organellen: Prokaryoten missen andere membraangebonden organellen die worden gevonden in eukaryotische cellen, zoals mitochondriën, endoplasmatisch reticulum, Golgi-apparaat, enz. Ze voeren hun cellulaire functies uit met gespecialiseerde gebieden in hun cytoplasma en hun celmembraan.