1. Geslacht: Dit is de bredere categorie, zoals *Escherichia *voor *e. coli*. De genusnaam is altijd een hoofdletter.

2. Soorten: Dit is de meer specifieke naam, zoals *coli *voor *e. coli*. De soortnaam is nooit gekapitaliseerd.

Hier is een uitsplitsing van de regels en overwegingen die betrokken zijn bij het benoemen van microben:

* Wetenschappelijke autoriteit: De persoon die voor het eerst een microbe beschreef en noemde, wordt herkend na de naam van de soort. Bijvoorbeeld * Staphylococcus aureus * Staph.

* Latinization: Microbiële namen zijn meestal gelatiniseerd, zelfs als ze zijn afgeleid van andere talen.

* beschrijvende naamgeving: Namen weerspiegelen vaak de kenmerken van de microbe, zoals zijn vorm, habitat of ziekteverwekkende vermogen. Bijvoorbeeld, * Bacillus subtilis * (staafvormig, gevonden in bodem), * Streptococcus pneumoniae * (ketens van bollen, veroorzaakt pneumonie).

* Nieuwe namen: Nieuwe microbiële soorten worden voorgesteld en beoordeeld door internationale commissies, zoals de International Committee on Systematics of Prokaryotes (ICSP).

Aanvullende opmerkingen:

* ondersoorten: Soms bestaan er nog meer specifieke benamingen. Bijvoorbeeld, * Salmonella enterica * subsp. * enterica* en* Salmonella enterica* subsp. *Typhimurium*zijn verschillende ondersoorten van*Salmonella enterica*.

* stammen: Binnen een soort kunnen er verschillende stammen zijn, die genetisch verschillend zijn maar zeer nauw verwant zijn. Deze worden vaak aangeduid met letters, cijfers of beschrijvende termen na de naam van de soort, zoals *e. Coli* O157:H7.

Samenvattend is microbiële naamgeving een gestructureerd systeem waarmee wetenschappers duidelijk kunnen identificeren en communiceren over specifieke microben.