Flagella zijn zweepachtige structuren die roteren om de bacteriën door zijn omgeving voort te stuwen. Ze zijn gemaakt van eiwitten en kunnen worden gerangschikt in verschillende patronen, zoals een enkel flagellum aan één uiteinde (monotrichous), een plukje flagella aan één uiteinde (lophotrichous), flagella over het oppervlak (peritrichous), of een flagellum aan elk uiteinde (amfitrichous).