Dit is waarom:

* Kleine ribosomen: Zowel mitochondria als chloroplasten hebben hun eigen ribosomen, die kleiner zijn dan de ribosomen die worden gevonden in het cytoplasma van eukaryotische cellen. Dit komt omdat hun ribosomen meer vergelijkbaar zijn met die in prokaryotische cellen.

* Circulair DNA: Zowel mitochondria als chloroplasten hebben respectievelijk hun eigen cirkelvormige DNA -moleculen, mitochondriaal DNA (mtDNA) en chloroplast -DNA (cpDNA) (cpDNA) genoemd. Dit is een andere gelijkenis met prokaryoten, die ook circulair DNA hebben.

Deze gelijkenis met prokaryoten is een van de belangrijkste bewijsstukken ter ondersteuning van de endosymbiotische theorie , die voorstelt dat mitochondriën en chloroplasten afkomstig waren van vrijlevende bacteriën die werden overspoeld door vroege eukaryotische cellen. Na verloop van tijd werden deze bacteriën geïntegreerd in de eukaryotische cellen en evolueerden ze naar de organellen die we vandaag zien.