1. bacteriën: Dit domein omvat de meeste prokaryoten die we kennen, van die in bodem en water tot degenen die in extreme omgevingen leven.

2. Archaea: Dit domein bestaat uit eencellige organismen die oorspronkelijk werden geclassificeerd als bacteriën, maar nu worden erkend als onderscheiden van hen vanwege hun unieke biochemie, genetica en fysiologie. Veel archaea gedijen in extreme omgevingen zoals warmwaterbronnen, zoutmeren en hydrothermische ventilatieopeningen.