* zuurstof (O2): Dit is de uiteindelijke elektronenacceptor in de elektrontransportketen, het proces dat de meerderheid van ATP (energie) genereert in aerobe ademhaling.

* Brandstofmoleculen: Dit kunnen koolhydraten zijn (zoals glucose), vetten of eiwitten, die worden afgebroken om de energie voor ademhaling te bieden.

* Water (H2O): Dit wordt gebruikt in sommige reacties binnen het proces.

Het is belangrijk op te merken dat hoewel het organisme deze stoffen inneemt, het ook vrijgeeft Andere stoffen terug in het milieu tijdens de ademhaling, zoals koolstofdioxide (CO2) en water.