Er zijn echter twee hoofdtypen genetische kaarten:

* Koppeling Mapping: Deze methode gebruikt de frequentie van recombinatie tussen genen om hun relatieve posities op een chromosoom te bepalen. Het is gebaseerd op het idee dat genen die dicht bij elkaar zijn op een chromosoom minder waarschijnlijk worden gescheiden tijdens meiose, terwijl genen die verder uit elkaar liggen, eerder gescheiden zijn.

* Fysieke kaarten: Deze methode bepaalt direct de fysieke locatie van genen op een chromosoom. Het maakt gebruik van technieken zoals klonen en sequencing om gedetailleerde kaarten van het chromosoom te maken.

Dus, terwijl zowel koppeling als fysieke mapping bijdragen aan het begrijpen van de rangschikking van genen op een chromosoom, genetische mapping is de overkoepelende term voor het proces.