Het is echter belangrijk op te merken dat de classificatie van het leven in vijf koninkrijken (Monera, Protista, Fungi, Plantae en Animalia) een ouder systeem is. Moderne classificatiesystemen hebben het, net als het drie-domein-systeem, grotendeels vervangen.

In het drie-domeinsysteem zijn prokaryoten verdeeld in twee domeinen:

* bacteriën

* Archaea

Hoewel beide prokaryotisch zijn, hebben ze significante verschillen in hun genetica, biochemie en evolutionaire geschiedenis.