* mitochondria: Dit zijn de krachtpatsers van de cel, verantwoordelijk voor cellulaire ademhaling en ATP -productie. Men denkt dat ze afkomstig zijn van aerobe bacteriën die werden overspoeld door vroege eukaryotische cellen.

* chloroplasten: Deze worden aangetroffen in plantencellen en zijn verantwoordelijk voor fotosynthese, het proces van het omzetten van zonlicht in energie. Er wordt aangenomen dat ze afkomstig zijn van fotosynthetische bacteriën die werden overspoeld door vroege eukaryotische cellen.

De theorie die de oorsprong van deze organellen verklaart, wordt de endosymbiotische theorie genoemd . Het suggereert dat deze organellen ooit vrij levende bacteriën waren die een symbiotische relatie vormden met een gastheercel. Na verloop van tijd werden deze bacteriën geïntegreerd in de gastheercel en evolueerden uiteindelijk naar de organellen die we vandaag zien.