Linnaeus, de vader van taxonomie, leefde in de jaren 1700. Hij ontwikkelde zijn classificatiesysteem op basis van de organismen die hij kon zien en studeren met de technologie van zijn tijd. Dit is de reden waarom hij Archaea en bacteriën niet heeft opgenomen:

* Microscopische aard: Archaea en bacteriën zijn eencellige organismen, onzichtbaar voor het blote oog. Microscopen waren in de tijd van Linnaeus niet voldoende gevorderd om deze kleine levensvormen te observeren en te onderscheiden.

* overeenkomsten: Bacteriën en Archaea delen enkele oppervlakkige overeenkomsten in hun morfologie (vorm en structuur). Linnaeus groepeerde alle eencellige organismen die hij waarnam onder het koninkrijk "Animalcule" (later omgedoopt tot "Monera").

* Beperkt begrip van biochemie: De fundamentele verschillen tussen archaea en bacteriën, met name hun biochemie en genetica, werden pas veel later ontdekt. De verschillende evolutionaire paden en unieke biochemische kenmerken van Archaea stonden niet bekend bij Linnaeus.

Samenvattend: Het systeem van Linnaeus was gebaseerd op de macroscopische wereld die hij direct kon observeren. De ontdekking en het begrip van micro -organismen zoals archaea en bacteriën waren alleen mogelijk met de ontwikkeling van geavanceerde microscopen en biochemische technieken, lang na de tijd van Linnaeus.