1. Emasculatie: Hij verwijderde zorgvuldig de helmknoppen (de mannelijke reproductieve delen) uit de bloemen van de planten die hij als vrouwelijke ouder wilde gebruiken. Dit voorkwam de bloem om zichzelf te bestrijden.

2. Kruisbestuiving: Mendel nam vervolgens stuifmeel uit de helmknoppen van een andere plant (de mannelijke ouder) en bracht deze handmatig over naar het stigma (het vrouwelijke deel) van de geëmasculeerde bloem.

3. Gecontroleerde omgeving: Hij voerde deze experimenten uit in een gecontroleerde omgeving om toevallige bestuiving door insecten of wind te voorkomen.

Volgens deze stappen zou Mendel er zeker van kunnen zijn dat de nakomelingen die hij waarnam alleen voortvloeide uit de specifieke kruisbestuiving die hij bedoelde. Dit stelde hem in staat om de erfenis van eigenschappen door generaties te volgen en zijn fundamentele erfrechtwetten vast te stellen.