* Vroege aardomstandigheden: De vroege aarde was een harde omgeving, zonder zuurstof in de atmosfeer en extreme temperaturen. Prokaryoten evolueerden om te gedijen in deze omstandigheden, terwijl eukaryoten, met hun meer complexe structuren, waarschijnlijk niet hadden kunnen overleven.

* Eenvoudigere structuur: Prokaryoten zijn eenvoudiger organismen, die de complexe interne structuren (zoals een kern en membraangebonden organellen) missen die in eukaryoten worden gevonden. Door deze eenvoudigere structuur konden ze zich sneller evolueren en zich voortplanten, zich aan te passen aan de veranderende omstandigheden van vroege aarde.

* Fossiel bewijs: Het oudste fossiele bewijs van het leven op aarde is van prokaryoten, die miljarden jaren teruggaat. De eerste eukaryoten verschijnen veel later in het fossiele record.

* endosymbiotische theorie: De heersende theorie is dat eukaryoten zijn geëvolueerd uit prokaryoten door een proces dat endosymbiose wordt genoemd. Dit houdt in dat een grotere prokaryote een kleinere overspoelt, die uiteindelijk een organel werd (zoals mitochondria of chloroplasten) in de grotere cel. Dit suggereert dat prokaryoten al aanwezig waren vóór de evolutie van eukaryoten.

In wezen waren prokaryoten de pioniers van het leven op aarde, zich aanpassen en evolueren om te overleven in een uitdagende omgeving. Eukaryoten verschenen, met hun meer complexe structuren, later, waarschijnlijk evoluerend uit prokaryoten zelf.