In 1665 publiceerde hij zijn observaties in zijn boek 'Micrographia', waar hij de structuur van Cork beschreef als gemaakt van kleine compartimenten die hij 'cellen' noemde omdat ze hem aan de cellen in een klooster deden denken. Hoewel hij niet de eerste persoon was die een microscoop gebruikte, waren zijn gedetailleerde observaties en publicatie cruciaal bij het vaststellen van de basis voor de studie van cellen.