Het is echter belangrijk op te merken dat de classificatie van organismen in koninkrijken voortdurend evolueert. Moderne classificatiesystemen plaatsen prokaryoten vaak in twee afzonderlijke domeinen:

* bacteriën: Dit zijn echte bacteriën, een diverse groep eencellige organismen.

* archaea: Dit zijn eencellige organismen die vaak worden gevonden in extreme omgevingen en unieke biochemische eigenschappen hebben.

Hoewel het Monera Kingdom een ​​traditionele classificatie is, wordt het domeinsysteem vandaag meer algemeen geaccepteerd.