Het belangrijkste verschil tussen tRNA en mRNA is de aanwezigheid van een anticodon in tRNA. Het anticodon is een sequentie van drie nucleotiden op tRNA, die complementair is aan een specifiek codon, dat een sequentie is van drie nucleotiden op mRNA. Het anticodon in tRNA is verantwoordelijk voor het herkennen en binden aan het complementaire codon op mRNA tijdens de eiwitsynthese. tRNA brengt het juiste aminozuur naar het mRNA-complex door de drie nucleotiden te herkennen en het bijpassende aminozuur aan de juiste positie in het eiwit te koppelen.