1. Oxidoreductasen :Deze enzymen katalyseren oxidatie-reductiereacties, waarbij elektronen tussen moleculen worden overgedragen. Voorbeelden hiervan zijn dehydrogenasen, die waterstofatomen verwijderen, en oxidasen, die zuurstofatomen toevoegen.

2. Transferasen :Deze enzymen katalyseren de overdracht van functionele groepen tussen moleculen. Voorbeelden zijn onder meer kinasen, die fosfaatgroepen overbrengen, en glycosyltransferasen, die suikergroepen overbrengen.

3. Hydrolasen :Deze enzymen katalyseren de hydrolyse van bindingen door watermoleculen toe te voegen. Voorbeelden hiervan zijn proteasen, die eiwitten afbreken, en lipasen, die vetten afbreken.

4. Lyasen :Deze enzymen katalyseren de splitsing van verschillende bindingen op andere manieren dan hydrolyse, zoals door eliminatiereacties of additiereacties. Voorbeelden zijn onder meer decarboxylasen, die carboxylgroepen verwijderen, en aldolasen, die koolstof-koolstofbindingen splitsen.

5. Isomerasen :Deze enzymen katalyseren de onderlinge omzetting van isomeren, dit zijn moleculen met dezelfde molecuulformule maar met verschillende structurele arrangementen. Voorbeelden omvatten racemasen, die enantiomeren onderling omzetten, en epimerasen, die epimeren onderling omzetten.

6. Ligasen :Deze enzymen katalyseren de verbinding van twee moleculen en de vorming van een nieuwe covalente binding. Voorbeelden zijn onder meer DNA-ligasen, die DNA-fragmenten met elkaar verbinden, en peptideligasen, die aminozuren samenvoegen om eiwitten te vormen.