Bij transcriptie dient de DNA-matrijsstreng als gids voor de synthese van boodschapper-RNA (mRNA) door complementaire basenparing met ribonucleotiden. Tijdens dit proces paren specifieke stikstofhoudende basen op de DNA-streng met hun complementaire basen op de binnenkomende ribonucleotiden. Hier zijn de regels voor baseparing tijdens transcriptie:

- Adenine (A) op de DNA-matrijsstrengparen met Uracil (U) op de RNA-streng.

- Thymine (T) op de DNA-matrijsstreng blijft ongepaard, omdat er geen overeenkomstige base in RNA is.

- Cytosine (C) op de DNA-matrijsstrengparen met Guanine (G) op de RNA-streng.

- Guanine (G) op de DNA-matrijsstrengparen met Cytosine (C) op de RNA-streng.

Tijdens transcriptie leest een RNA-polymerase-enzym de DNA-matrijsstreng in een 5'-naar-3'-richting en synthetiseert een complementair RNA-molecuul door achtereenvolgens ribonucleotiden toe te voegen in de 5'-naar-3'-richting. Dit baseparingsmechanisme zorgt ervoor dat het RNA-transcript een nauwkeurige kopie is van de DNA-sjabloon, behalve de aanwezigheid van Uracil (U) in plaats van Thymine (T), waardoor het geschikt is voor vertaling in eiwitten.