Bot is, net als ander bindweefsel, afkomstig van het mesoderm, de middelste laag van de drie kiemlagen die zich vormen tijdens de vroege embryonale ontwikkeling. Bot is in het bijzonder afkomstig van mesenchymale cellen, dit zijn multipotente stamcellen die het potentieel hebben om te differentiëren in verschillende soorten bindweefselcellen.

Tijdens de embryonale ontwikkeling condenseren mesenchymale cellen in specifieke gebieden en ondergaan differentiatie om het skeletsysteem te vormen. Uit deze mesenchymale cellen ontstaat zowel het kraakbeen dat dient als sjabloon voor botvorming (endochondrale ossificatie) als de cellen die verantwoordelijk zijn voor de botvorming zelf (intramembraneuze ossificatie).

Tijdens endochondrale ossificatie differentiëren mesenchymale cellen eerst tot chondrocyten, de cellen die kraakbeen produceren en onderhouden. Het kraakbeenmodel van het bot wordt vervolgens geleidelijk vervangen door botweefsel via het proces van verbening. In dit proces dringen bloedvaten en osteoblasten (botvormende cellen) het kraakbeen binnen, breken het af en vervangen het door botmatrix.

Bij intramembraneuze ossificatie differentiëren mesenchymcellen direct in osteoblasten zonder een kraakbeenstadium te doorlopen. Osteoblasten scheiden de organische componenten van de botmatrix af, die voornamelijk uit collageenvezels bestaat, en zetten vervolgens calcium en andere mineralen af ​​om de matrix te mineraliseren, wat resulteert in de vorming van botweefsel.

Over het geheel genomen is bot afkomstig van mesenchymale cellen tijdens de embryonale ontwikkeling, en de vorming ervan omvat de differentiatie van deze cellen in chondrocyten (bij endochondrale ossificatie) of osteoblasten (bij intramembraneuze ossificatie).