1. Grootte:Zowel virussen als prokaryote cellen zijn relatief klein van formaat. Prokaryotische cellen zijn doorgaans in het bereik van 0,1 tot 5 micrometer (μm), terwijl virussen zelfs nog kleiner kunnen zijn, waarvan sommige variëren van 0,02 tot 0,3 µm.

2. Structuur:Prokaryotische cellen worden gekenmerkt door een eenvoudige cellulaire structuur. Ze zijn samengesteld uit een celmembraan, cytoplasma en DNA (deoxyribonucleïnezuur). Op dezelfde manier hebben virussen een basisstructuur die bestaat uit een eiwitmantel die het genetische materiaal omsluit, dat DNA of RNA (ribonucleïnezuur) kan zijn.

3. Replicatie:Zowel virussen als prokaryote cellen gebruiken vergelijkbare replicatiemethoden. Virussen repliceren door hun genetisch materiaal in gastheercellen te injecteren en de cellulaire machinerie van de gastheer te gebruiken om kopieën van de virale componenten te produceren. Op dezelfde manier reproduceren prokaryotische cellen zich door binaire splitsing, waarbij de oudercel zich splitst in twee identieke dochtercellen.

4. Genetisch materiaal:Hoewel virussen DNA of RNA als genetisch materiaal kunnen bevatten, gebruiken sommige soorten prokaryote cellen, zoals bacteriën, uitsluitend DNA als hun genetisch materiaal. Deze cellen organiseren hun DNA in cirkelvormige chromosomen die zich in het cytoplasma bevinden.

5. Gebrek aan interne membranen:In tegenstelling tot eukaryotische cellen bezitten noch virussen, noch prokaryotische cellen interne membraangebonden organellen zoals mitochondria of chloroplasten. Prokaryotische cellen kunnen echter rudimentaire membraanstructuren hebben, mesosomen genaamd, die betrokken zijn bij cellulaire processen zoals ademhaling.

Het is belangrijk op te merken dat virussen niet op dezelfde manier als levende organismen worden beschouwd als prokaryotische cellen of eukaryotische cellen. Virussen zijn obligaat intracellulaire parasieten, wat betekent dat ze zich alleen kunnen voortplanten in de levende cellen van andere organismen. Aan de andere kant zijn prokaryotische cellen, net als bacteriën en archaea, onafhankelijke, zichzelf in stand houdende organismen die in staat zijn zelfstandig vitale functies te reproduceren en uit te voeren.