Een virus dat bacteriën binnendringt, wordt een bacteriofaag genoemd, of eenvoudigweg een faag. Bacteriofagen zijn een type virus dat specifiek in bacteriën infecteert en zich vermenigvuldigt, vergelijkbaar met hoe virussen in dierlijke cellen infecteren en repliceren. Ze zijn erg klein, zelfs vergeleken met bacteriën, en kunnen alleen worden waargenomen met een elektronenmicroscoop. Bacteriofagen hebben het vermogen om specifieke bacteriële gastheerstammen te infecteren en te lyseren. Ze bestaan ​​doorgaans uit een eiwitmantel die een DNA- of RNA-genoom omsluit. Bij infectie injecteert een bacteriofaag zijn genetisch materiaal in de gastheerbacterie, waardoor in wezen de cellulaire machinerie van de bacterie wordt gekaapt om meer kopieën van de faag te produceren. De nieuw geproduceerde fagen verlaten vervolgens de gastheercel, waardoor de cel vaak barst (lyseert) en meer fagen in de omgeving vrijkomen. Bacteriofagen zijn zeer specifiek in hun gastheerbereik, wat betekent dat ze alleen binnen bepaalde soorten bacteriën kunnen infecteren en repliceren.